Năm 1988, đã xảy ra một vụ trộm tại khu tháp này: Kẻ gian đã nạy cửa tháp Báo Nghiêm để kiếm vàng và đồ cổ. Chúng đã vứt ra một vại sành trong đó có chứa di cốt người và những mảnh bó cốt có cấu tạo giống như mảnh bồi của tượng nhà sư chùa Đậu.

Phó tiến sĩ Nguyễn Lân Cường cho biết: "Rất tiếc, vị sư trụ trì của chùa đã mất từ trước khi vụ trộm xảy ra cách đó 8 năm. Khi đến thôn Rao Mộc, cách chùa 15 km, chúng tôi gặp cụ Nguyễn Chí Triệu vốn là sư bác ở chùa 45 năm về trước. Theo lời cụ Triệu, trước đây, trong khán thờ có một pho tượng của sư tổ, chân xếp bằng tròn theo thế ngồi thiền, hai tay đặt trước bụng, lòng bàn tay ngửa."

Ngày nay, các nhà khoa học đã xác định đây là di cốt của thiền sư Chuyết Chuyết, đã viên tịch tại chùa Phật Tích.

Các nhà khảo cổ học đã tìm thấy tất cả 133 mảnh xương và 209 mảnh bồi. Trong số này có đốt sống, xương đùi, xương chày, một phần xương hàm trên, đặc biệt có một xương hàm dưới, một phần xương trán cùng hốc mắt phải đính với hai mũi. Dựa vào các xương chi, các nhà khoa học tính toán chiều cao của nhà sư khoảng 1,6 m. Qua phân tích cấu tạo của khuyết hông và khớp mu, các nhà khoa học khẳng định đây là di hài của một nhà sư nam khoảng hơn 50 tuổi.

Khi nghiên cứu những mảnh bồi, các nhà nghiên cứu đã tìm thấy một đoạn dây đồng đã gỉ màu xanh. Điều này chứng tỏ: Sau khi cải táng, người ta lấy xương của nhà sư đã tịch, đem dựng khung tạo thành hình ngồi thiền, rồi mới bồi ra bên ngoài để tạo tượng. Điều này khác với kỹ thuật tạo tượng nhà sư Vũ Khắc Minh ở chùa Đậu.

Với mong muốn phục nguyên di hài thiền sư ở chùa Phật Tích, nhóm các nhà khoa học do PTS Nguyễn Lân Cường chỉ đạo đã áp dụng phương pháp Guerasimov phục hồi mặt theo xương sọ.

Ngày 12 tháng 1 năm 1993, các nhà khoa học bắt tay tiến hành phục nguyên di hài. Trước hết, họ dựng tượng nhà sư bằng đất sét theo phương pháp Guerasimov; đổ khuôn thạch cao tạo các mảnh khuôn rồi gỡ các mảnh khuôn, phá tượng đất đi. Sau đó, họ bôi sơn ta, lót vải màn, rắc mạt cưa trộn sơn ta và gắn xương vào đúng vị trí. Để thành tượng, các nhà khoa học phá tiếp khuôn thạch cao, gỡ các mảnh bó cốt và gắn lại. Cuối cùng, họ đem thếp bạc rồi quang dầu lên tượng. Sau khi tượng được hoàn thành, tại khu vực này đã diễn ra lễ rước tượng về chùa Phật Tích với sự tham dự của hàng nghìn người dân. Đây là lần đầu tiên Việt Nam phục nguyên thành công một pho tượng theo phương pháp Guerasimov kết hợp với sơn ta cổ truyền của dân tộc.